<p>I ung alder tjenestegjorde han i FN-styrken i Libanon og i Fjernoppklaringseskadronen. Det meste av karrieren har han jobbet i Forsvarets spesialkommando (FSK), der han gjennomførte spesialjegeropptaket i 1999 og avsluttet som sjef i 2014. Kristoffersen har også vært sjef for Heimevernet og Hæren.</p><p>Han er dekorert med krigskorset med sverd for sitt lederskap under operasjoner i Afghanistan. I 2014 fikk Eirik Kristoffersen Forsvarets likestillingspris, blant annet for å ha vært en pådriver for å opprette en egen jegertropp for kvinner i FSK.</p>